1.种子的形态
因蔬菜种类、品种不同，种子的形态也不尽相同。由胚珠或子房发育而成的种子的外部形态特征是鉴别蔬菜种类、判断种子品质和种子新陈的重要依据。
种子的形态特征包括种子的外形、大小、色泽、斑纹、表面光洁度、毛刺、蜡质、沟棱、突起物等。一般不同的蔬菜种类之间其形态特征差异较大，如甘蓝类、茄果类、瓜类、豆类、葱蒜类等，不论是在种子形状，还是色泽、大小、斑纹等方面都有很大的差异。
而某些蔬菜种类内的种或亚种之间其形态特征差异较小，如甘蓝类中的白菜和甘蓝的种子，其形状大小、色泽均相近，但白菜种子球面具有单沟，甘蓝种子球面具有双沟。
成熟的种子饱满，色泽较深，具有蜡质；幼嫩的种子则色泽浅、皱瘪。新种子色泽鲜艳，具有香味；陈种子则色泽灰暗，具有霉味。种子的形状、颜色、斑纹、沟棱等在遗传上是相当稳定的性状，而种子的大小很容易变化。
种子的大小可用千粒重或1克种子的粒数来表示。种子的大小与营养物质的含量有关，对胚的发育也有重要的作用。
种子的大小还关系到播种技术、播种质量、播种后出苗的难易，以及幼苗生长发育的速度。只有饱满的新种子，在适宜的条件下，才能发芽且生长良好。
2.种子的结构
种子是由受精胚珠发育而成的，一般由种皮、胚和胚乳三部分组成。种皮是把种子内部组织与外界隔离开来的保护结构。
真种子的种皮是由珠被形成的；属于果实的种子，所谓的“种皮”主要是由子房壁所形成的果皮，而真正的种皮在发育过程中成为薄膜，或受挤压而破碎，黏附于果皮的内壁而与果皮混成一体。
种皮的细胞组成和结构，是鉴别蔬菜种与变种的重要特征之一，也决定了育苗过程中种子吸水的速度。
种皮透水容易的有十字花科、豆科蔬菜及番茄、黄瓜等蔬菜的种子；透水较困难的有伞形科蔬菜、茄子、辣椒、西瓜、冬瓜、苦瓜、葱、菠菜等蔬菜的种子。
胚由胚芽、胚轴、胚根和子叶组成。胚芽又称上胚轴，位于胚轴的上端，是地上部分叶和茎的原始体；胚轴连接胚芽和胚根，位于子叶的着生点以下，又称下胚轴。
胚根是地下部分初生根的原始体；子叶是种胚的幼叶，能储存营养物质，双子叶植物的子叶还起着保护胚芽的作用（根据子叶的数量将植物分为单子叶植物、双子叶植物和裸子植物三大类）。
胚乳可分为外胚乳和内胚乳。绝大多数的有胚乳种子如番茄种子、菠菜种子、芹菜种子的内胚乳是由受精卵发育而来的；有些种子在发育的过程中胚乳被吸收成为无胚乳种子，营养物质储藏在子叶中，如瓜类、豆类种子。