针对正在处于艰难发展期的国内有机农业产业，近些年，有一些曲解甚至诋毁有机农业的言论引起了很大的争议。使得国内有机农业消费者产生了很多疑惑，有机行业到底有没有存在的价值。如果按照ifoam定义的有机农业四原则，即“健康、生态、公平、谨慎”，无论是对环境生态的注重，还是对人类的健康的责任甚至生产者、消费者的公平都是有机农业的基本准则，不管从哪方面来说，真正的有机农业是有百利而无一害的。
有机农业的确更环保
1、改善农业面源污染
以2003年为例，美国、俄罗斯、加拿大和澳大利亚化肥使用分别是10千克/公顷、29千克/公顷、60千克/公顷和32千克/公顷，而中国则是357千克/公顷，在某些蔬菜产区则高达600千克/公顷，远远超过225千克/公顷的污染警戒线。2008年我国农药的施用量达到了190.2万吨，而其有效率仅为10%-20%，其中50-60%残留于土壤，高能耗生产的农药大多数变成了环境和健康杀手，直接危害人类赖以生存的环境。2010年我国化肥的施用量已经达到惊人的6076万吨，而有效率仅为30%-35%(氮肥)、10%-20%(磷肥)和35%-50%(钾肥)，其余都进入大气、土壤和地下水系，成为面源污染的最大因子。
有机农业生产体系则通过系统内部物质的循环利用，依靠施用有机肥和生物绿肥等措施培肥土壤, 不仅增加了土壤有机质和氮素含量, 减少了氮素流失造成的环境污染，而且有效提高和转化了土壤养分, 实现了土壤肥力的持续供应和永久利用。有机农业利用生物多样性、生物天敌和生物农药控制病虫害，禁止使用化学农药，从而避免带来环境污染和健康危害。
有机农业强调土壤承载力。有机农业的基本准则里有严格的规定，有机畜禽的养殖数量和土壤承载力必须匹配，避免过量的粪便超过土壤承载力造成面源污染。而且对于可以收集的畜禽粪便必须有堆肥或者厌氧发酵等设施处理之后再施入到有机种植农田中，其施用量也有明确规定，年施用量折合纯氮不得超过170千克/公顷。
2、改良土壤酸化
土壤酸化的主要成因有三： 酸沉降。主要来源是二氧化硫和氮氧化物，其中氮氧化物的主要贡献者并非工业排放，而是施用到农田中的氮肥通过n2o→no→no-2→no-3的反应途径挥发到大气中，形成酸雨;化肥(氮肥)，除了“逃逸”到大气中形成氮氧化物造成的酸雨影响之外，留在土壤中的铵态氮肥也起到了加速农田酸化的作用，其主要机制是铵离子在硝化作用下释放氢离子致使土壤加速酸化;农作物收获。常规农业彻底消灭杂草并且收获农作物后还田较少的做法，导致作物在生长时从土壤中带走的碱性物质被“移出”土壤，也是土壤酸化的一个因素。
有机农业禁止化肥的施用不仅能够减少生产化肥的能耗, 而且减少了化肥使用过程中氮氧化物的排放。在中国, 化肥投入和有机物质(畜禽粪便、秸秆、杂草等)投入对农田直接氮氧化物排放的贡献份额分别为77.64%和15.57%。有机农业标准规定只允许使用有机肥料，而有机肥料在世界各地都被用作酸化土壤的有效改良剂(有机氮源在矿化反应时每生成1毫摩尔铵离子，便消耗1毫摩尔质子，从而提高了土壤的ph值)，有机农业采取的轮作、休耕、种植绿肥、秸秆杂草还田等措施均可以抑制和减缓土壤酸化的进程。
3、恢复生态
常规农业是人工造就的反自然生态的系统。它彻底破坏了自然界的生物多样性和生态链，维持其生产所需的代价惊人，包括水资源的集中使用形成的土壤盐渍化、化肥超量使用形成的土壤板结、单一化的作物种植带来的病虫害爆发，以及为了控制病虫害而反复使用农药造成环境污染并且陷入“害虫-农药-耐药害虫-更多农药”这样的怪圈。
有机农业改善和恢复生态。以生物多样性为标志的有机农业强调建立可持续的农业，把常规农业人为割断的生态链重新链接起来，强调人与自然平衡、投入与产出平衡、物质在生产体系内部循环，是对环境和生态的改善和保护。
有机食品的确更安全
有机食品的安全性是完全没有争议的。由于有机农业禁止使用化肥农药激素等化学物质，同时对于生产环境的要求比较高，并且有严格的危害物质控制和检测，使得有机食品中危害物质的残留达到检测仪器的检出限以下，是公认的安全等级最高的食品。
出于谨慎原则，有机农业禁止使用转基因技术和相关产品，禁止生产和加工中使用可能在食品中残留的化学物质，并以最高的检测指标严控各类已知危害物质的残留，是对人类健康和环境安全的负责。
有机食品的确更有营养更好吃
有机食品的营养是否比常规的更好的争论很多，但是诸多严谨的调查研究结果显示：有机栽培的莴苣、芹菜干物质含量分别比普通作物高60.4%、47.0%;有机种植的小麦中赖氨酸含量比普通小麦高25% ～30%， 有机牛肉中亚麻酸含量是普通牛肉的4倍，而油酸和亚油酸含量却相对减少;与常规栽培相比，有机栽培蔬菜增产幅度达到57.13% ～377.46%;有机栽培蔬菜的品质优于常规栽培，有机芹菜、生菜和西兰花的vc含量极显著高于常规栽培，分别高出68.41% 、34.17%和14.29%;有机栽培生菜、芹菜、萝卜和西兰花的干物质含量显著高于常规栽培，分别高出32.1% 、21.6% 、15.7%和8.8%;有机栽培西兰花、芹菜、生菜和萝卜的可溶性糖含量均极显著高于常规栽培，分别高出56.3l%、51.49% 、40.59% 和21.6l%。
有机栽培芹菜中k和zn的含量较普通栽培芹菜分别显著高出70.22%和47.93%;有机栽培芹菜可溶性糖含量高出55.04%，维生素c的含量高出118.18%……在中国的环境条件下，有机食品比常规食品更有营养是毋庸置疑的。另外，有机农业生产的农产品是在自然成熟的情况下收获的，风味更好，口感更佳，而常规农业的农产品由于广泛使用化肥激素加速生长导致风味物质积累不足，口感很差，这也是大家的共识。
有机农业本身没有任何问题。出问题的是别有居心心怀叵测的个别违法人员或组织，其实和真正的有机农业本身无关。对于刚刚起步的中国有机农业，正如一个嗷嗷待哺牙牙学语的婴儿，需要的不仅仅是物质上的扶持和鼓励，更有精神上的呵护与关照。随着产量的增加科学的管理，有机产品的价格也会逐渐降低，达到市场主流人群可以接受的程度。这个行业的健康成长不应需要从业者自身的努力和坚持，更需要全社会的关系和参与。我们要以科学的、严谨的、公平的、公正的态度对待它，有机农业才能健康的成长。