我国农业结构优化升级、农业现代化发展面临几个突出问题：一是由于长期坚持“以粮为纲”，“农、林、牧、副、渔”没有得到全面发展。二是农村劳动力素质低下，严重制约农业结构优化调整。三是农副产品市场秩序混乱，农副产品真假难辨、好坏不分，优质不优价，增质难增效，严重损害生产主体调整、优化结构的积极性、创造性。四是农民组织化程度低，农村经济中的二、三产业发展缓慢。五是农业结构调整的外部环境亟须优化。
实现农业结构优化升级有以下途径：
一、正确处理粮食生产和经济作物种植、多种经营的关系。在我国已经具备很强的粮食生产能力和国际粮食大流通已经形成的条件下，国家适当降低粮食安全系数，建立粮食生产能力保护和适时转换机制，把粮食实物储备转向粮食生产能力储备。同时，按经济作物的平均价格调整粮食补贴标准，积极参与全球粮食大流通。
二、大力提高农业劳动力素质。对从事农业生产的青年实行认证补贴制度，以改变从业者年龄结构。同时，国家应加大对农村人力资源的投入力度，改变农业科研机构、农业院校脱离农村、农业、农民的问题。把致力于农村建设的青年免费选送到农业院校学习，使其成为具有经营管理和农业科技知识的高素质人才。根据农村劳动者的实际需要经常性开展短期技能培训。同时，国家应尽快完善农业经济的科技支持体系。
三、加快提高农民组织化程度，积极培育农业经营新模式。在生产、加工、销售一体化的前提下把农户联合起来，大力支持农民合作社发展，并将各项优惠政策统一通过合作社予以实现。
四、积极推进农村经济中的一、二、三产业高度融合,让农民既能获得生产环节利润，又能获得农产品加工等高附加值环节的利润。这样既能吸收较多的农村劳动力，又能从根本上改变农业的弱势地位，大大提高农业竞争力，加快农民致富步伐。
五、创造有利于农业结构优化升级的外部环境。加快完善财政补贴政策，对农业的直接补贴要向农业保险转变。加大农村金融改革力度，让国家农发行真正发挥支持农业经济发展的金融主导作用。农村信用社的改革应和农民合作社的培育通盘考虑、一并进行。再者，国家应责成有关部门对农副产品市场秩序认真进行整顿，规范市场管理。最后，完善农业经济发展方面的法律法规，解决农业结构调整中遇到的问题，做到有法可依、有章可循。